Labore für Molekulare Geo- und Paläobiologie
Die Labore der Molekularen Geo- und Paläobiologie sind ausgerichtet auf Molekularanalysen in der Genom- und Proteomforschung. Kern dieser Einheit sind vier S1-zertifizierte Molekularlabore mit insgesamt 23 Arbeitsplätzen verteilt auf 130 Quadratmetern Grundfläche:
- ein S1 Forschungslabor
- ein S1 Kurslabor
- ein S1 Labor zur Probenaufbereitung
- ein S1 Sequenzier- & Geomikrobiologielabor
Die Ausstattung dieser Labore umfasst einen Illumina MiniSeq Benchtop-Sequenzer, einen Bioanalyzer 2100, einen Rotor-Gene Q (qPCR) Thermocycler (QIAGEN), einen gentleMAC Dissociator (miltenyibiotec), einen 10x Chromium Controller, vier Biometra Thermocycler sowie Spektrometer, Fluorometer, und verschiedene andere Geräte für molekulare Standardanalysen einschließlich Genomik, Proteomik und (Single-Cell)Transkriptomik. S1 Infrastruktur umfasst unter anderem Autoklav, Sterilbänke, UV- crosslinker, Reinstwasseranlage und verschiedenste Inkubatoren.
Zwei separate Kühl- und Gefrierschrankräume bieten Lagerungsmöglichkeit für Proben von 4oC bis zu -80oC.
Separat zu den S1-Laboren befindet sich der Elektrophoreseraum mit Geldokumentation und angrenzender Dunkelkammer.
Der Mikroskopraum bietet verschiedene mikroskopische Einrichtungen einschließlich Fluoreszenzmikroskopen, Stereomikroskopen und Bildbearbeitung. Die mikroskopielle Ausstattung umfasst ein Leica DM LB Durchlichtmikroskop, ein Leica M165FC Fluoreszenz-Stereomikroskop, ein Leitz DMRP Polarisationsmikroskop sowie ein Leica Thunder Imageing System.
Das Histologielabor hat eine umfangreiche Ausstattung für Fixierung, Färbung und Herstellung histologischer Schnitte, wie ein Leica RM2255 Mikrotom und eine Leica SP1600 Innenlochsäge (Hartteilmikrotom).
Wir betreiben seit 2009 sehr erfolgreich Meeresforschungsaquarien. Drei Aquarienräume bieten exzellente Möglichkeiten der Kultivierung mariner Modellorganismen und experimenteller Forschung. Der erste Aquarienraum ist mit einem 330 l Experimentierbecken und einem 310 l Becken ausgestattet, beide auf getrennten Wassersystemen, außerdem Rack mit 21 x 9 l Becken. Die Aquarien können individuell von zwei unabhängigen Meerwassersystemen für eine Vielzahl von Experimenten versorgt werden. Ein zweiter Aquarienraum umfasst vier getrennten Wassersysteme (1800 l, 2040 l, 1350 l und 1220 l, wobei jedes System in mehrere separate Becken unterteilt ist), einschließlich einer Anzahl kleinerer, mobiler Becken für individuelle Versuchsanordnungen.
Die laboreigene Recheninfrastruktur umfasst ein Linux-Cluster (540 Cores - 4992GB RAM + Nvidia TitanV - 12GB VRAM 640 Tensor Cores), Datenbankserver (MariaDB und PostgreSQL) mit 32 Cores und 128GB RAM, 26TB HPC storage, einen zentralen Datenspeicher mit ~200TB Kapazität, einen Galaxy-Server zur reproduzierbaren Verwaltung komplexer Analyse-Workflows und einen Geneious-Server zur Standard-Sequenzanalyse.
Forschungsprojekte
Schwerpunktmäßig wird in den Laboren zur Evolution, Genomik, Proteomik, Biodiversität, Systematik und Biomineralisation von marinen Invertebraten geforscht, wie z.B. zu Schwämmen, Seesternen, bakteriellen Schwamm-Symbionten, zur Biomineralisation von Schwämmen, Weich- und Steinkorallen, zur Stammesgeschichte der Tiere und an der Entwicklung von Bioinformatik-Tools. (Siehe www.geobiology.eu)
Kontakt
- Prof. Dr. Gert Wörheide (Leitung): woerheide@lmu.de
- Prof. Dr. Dirk Erpenbeck (wiss. Laborleitung): erpenbeck@lmu.de
- Gabriele Büttner (techn. Angestellte): Gabi.Buettner@lrz.uni-muenchen.de
- Dr. Nora Dotzler (techn. Angestellte, Histologielabore): n.dotzler@lrz.uni-muenchen.de
- Dr. Peter Naumann (techn. Angestellter, Aquarien): p.naumann@lrz.uni-muenchen.de
- Simone Schätzle (techn. Angestellte):s.schaetzle@lrz.uni-muenchen.de
